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新算法可早期檢測廢水中新冠病毒變異株

作(zuò)者:     發布(bù)日期: 2022-07-12     二維碼分享

? ? ? ?據(jù)近日發表在《自然》雜誌上的論文,美國加州大學聖地亞哥分校和斯克利普斯研究所(suǒ)聯合開發了一種名為“Freyja”的算法(fǎ),用於在早期檢測廢水中的新冠病毒變異株,隻需兩茶匙未經(jīng)處理的汙水(shuǐ),就可準(zhǔn)確測定新冠病毒變異株。

  斯克利普斯研究所研究人員開發了一個“條形碼”庫,可根據每個變異(yì)株特有的短RNA片(piàn)段(duàn)來識(shí)別新冠病毒變異株,並編寫了一種新算法,通(tōng)過篩選廢水中的大量遺傳信息來匹配這些條(tiáo)形碼。由此生成的免費程序Freyja,已經(jīng)被美國公共衛生機構(gòu)廣泛用於廢水監測。

  研究人員表示,在實驗室對廢水樣(yàng)本進行測序後(hòu),隻需(xū)運(yùn)行Freyja,20秒就可得到結果。當研究人員將Freyja應用於(yú)廢水樣本並將結果與聖地亞哥市的臨床數據(jù)進行比較時,他(tā)們發(fā)現該工具在臨(lín)床報(bào)告前14天就在廢水中(zhōng)檢測出了“值得關切的變異株”,包括阿爾法、德爾塔和奧密(mì)克戎變異(yì)株。

  2021年7月27日,研究人員在加州大學(xué)聖地亞哥(gē)分校的廢水中檢測到繆變異株9(B.1.621),這是在校園*臨床(chuáng)檢(jiǎn)測(cè)的4周前檢測出來的。同年11月27日,該(gāi)團隊還在聖地亞哥*臨床報告前11天檢測到廢水中的奧密克戎變異株。

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